L'objectif est de détecter et de déclarer les 38 maladies à déclaration obligatoire pour agir et prévenir les risques d'épidémie, mais aussi pour analyser l'évolution dans le temps de ces maladies et adapter les politiques de santé publique aux besoins de la population.
En 2003, le dispositif de surveillance des maladies à déclaration obligatoire (MDO) a connu une avancée majeure dans la protection de l'anonymat des personnes, inscrite dans la loi du 1er juillet 1998 relative au renforcement de la veille sanitaire et du contrôle de la sécurité sanitaire des produits de santé destinés à l'homme. Cette évolution du dispositif a permis de démarrer la déclaration obligatoire de l'infection à VIH et de l'hépatite B aiguë.
Le dispositif de notification anonymisée des maladies à déclaration obligatoire a nécessité de nombreux travaux communs entre les services de l'Etat, les associations de défense des droits des personnes, et les professionnels de santé. L'ensemble du dispositif, les fiches de notification ont reçu un avis favorable de la Commission nationale de l'informatique et des libertés (Cnil) et font l'objet d'un arrêté du ministre chargé de la Santé publié au Journal officiel.
L'Institut de veille sanitaire et le ministère chargé de la Santé ont conçu des outils d'information sur le dispositif pour mieux le comprendre, des fiches de notification qui servent de support papier à la transmission des données individuelles entre les trois acteurs pour chacune des maladies, et des fiches d'information des personnes que les médecins déclarants doivent donner aux personnes dont ils déclarent la maladie.
En 2015, le dispositif continue d’évoluer avec la mise en place progressive de la dématérialisation de la déclaration obligatoire, initiée pour la déclaration de l’infection par le VIH et du sida.