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Entérobactéries résistantes à la colistine

Publié le 24/10/2016

Émergence en France d'une nouvelle résistance plasmidique à la colistine (gène mcr-1) chez les entérobactéries

Contexte

La résistance plasmidique à la colistine (gène mcr-1) chez les entérobactéries a été détectée pour la première fois en Chine fin 20151. Cette résistance est encore émergente en France et dans le monde. Elle représente un risque pour la santé publique car la colistine est l’un des rares antibiotiques encore actif sur les souches d’entérobactéries productrices de carbapénèmases (EPC) - principales Bactéries Hautement Résistantes émergentes (BHRe). Son caractère plasmidique lui permet d’être très facilement transférable entre bactéries.

Depuis la première publication chinoise fin 2015, des souches résistantes à la colistine ont été isolées par plusieurs autres pays dans l’environnement, la nourriture, les animaux, mais aussi chez l'homme : particulièrement en Chine (premier pays utilisateur de colistine en santé animale), mais aussi dans quelques pays d'Europe (dont l'Allemagne et le Royaume Uni) et au Canada2, et plus récemment aux Etats-Unis3.

Ces publications confirment la dissémination internationale de ce gène de résistance, depuis plusieurs années et notamment en Europe, tel que souligné en mars 2016 dans une synthèse publiée par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC)2. Une évaluation de risque rapide (Rapid Risk Assessment) concernant cette émergence a été publiée par l’ECDC le 15 juin 20164.

Bilan épidémiologique en France au 21 octobre 2016

Depuis juillet 2016, plusieurs souches d'entérobactéries porteuses du gène mcr-1 de résistance plasmidique à la colistine ont été identifiées chez des patients en France. Il s'agit soit de souches identifiées à l'occasion d'études rétrospectives (2 souches en Nouvelle-Calédonie5, 1 souche à Marseille et 1 souche à Angers6, soit de souches isolées très récemment (septembre et octobre 2016) chez des patients encore hospitalisés (2 cas confirmés en région Auvergne-Rhône-Alpes et 2 cas confirmé en région Ile-de-France).

Les 4 souches d’entérobactéries porteuses du gène mcr-1 de résistance plasmidique à la colistine identifiées en septembre et octobre 2016, étaient issues de prélèvements de dépistage chez 4 patients hospitalisés en France. Ces 4 patients étaient colonisés au niveau digestif mais n’étaient pas infectés (aucun impact clinique) :

  • le premier cas a été détecté dans un hôpital de la région Auvergne-Rhône-Alpes : il concernait un patient porteur d’une souche de Klebsiella pneumoniae productrice de BLSE et mcr-1 positive. Ce patient n’avait aucun antécédent d’hospitalisation ou de voyage à l’étranger dans l’année précédente, deux facteurs de risque courant d’acquisition de BHRe ;
  • le deuxième cas a été détecté dans un autre hôpital de la région Auvergne-Rhône-Alpes : il concernait un patient porteur d’une souche d’Escherichia coli productrice de BLSE et mcr-1 positive. Ce patient n’avait aucun antécédent d’hospitalisation ou de voyage à l’étranger dans l’année précédente ;
  • le troisième cas a été identifié en région Ile-de-France : il concernait un patient porteur d’une souche d’Escherichia coli productrice de carbapénèmase (NDM-1) et mcr-1 positive. Ce patient avait été précédemment hospitalisé en Côte d’Ivoire ;
  • le quatrième cas a été identifié en région Ile-de-France : il concernait un patient porteur d’une souche d’Escherichia coli productrice de carbapénèmase (OXA-48 et KPC) et mcr-1 positive. Ce patient avait été précédemment hospitalisé au Portugal.

Ces 4 patients ont été isolés lors de leur hospitalisation, mis en précautions complémentaires contacts (PCC) et les patients contacts autour de ces cas ont été dépistés, selon les recommandations du Haut Conseil de la santé publique (HCSP) concernant la prise en charge des patients porteurs d’une BHRe7. Aucun cas secondaire n’a été identifié autour de ces patients.

Au total et à ce jour, 4 souches d’entérobactéries hébergeant le gène mcr-1 de résistance plasmidique à la colistine ont été identifiées chez 4 patients hospitalisés dans 4 établissements de santé de France métropolitaine. Ces 4 cas viennent s'ajouter aux 4 autres identifiés rétrospectivement sur des souches de collection isolées en 2012/13/14.

Cette détection en France chez l’homme était attendue compte tenu de la circulation de ce mécanisme de résistance depuis plusieurs années dans d’autres pays et de sa détection par l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) chez l’animal et dans plusieurs types de produits alimentaires8.

Cette nouvelle émergence n’a actuellement aucun impact clinique chez les patients mais nécessite d’être surveillée avec attention car la colistine est un antibiotique de dernier recours dans le traitement des infections à entérobactéries productrices de carbapénémases. Maîtriser sa diffusion est un enjeu majeur pour limiter le risque de voir apparaître à terme des souches totalement résistantes aux antibiotiques, responsables d’infections qui ne pourraient alors pas être traitées.

Actions mises en oeuvre

Un message d’alerte rapide sanitaire (MARS) a été adressé par la Direction générale de la santé à l’ensemble des établissements de santé français le 9 septembre 2016. Il inclut des recommandations rédigées par Santé publique France et le Centre national de référence de la résistance aux antibiotiques, sur la conduite à tenir en cas de suspicion ou d'identification d'une souche d'entérobactérie porteuse du gène mcr-1 afin d’en contrôler la diffusion.

Le HCSP a également publié un avis9 le 19 octobre 2016 pour la prise en compte de cette nouvelle émergence dans le cadre des recommandations pour la prévention de la diffusion des BHRe, diffusées en 2013.

Enfin, dans le cadre des réseaux de veille et d’alerte européens et internationaux auxquels la France contribue, l’information sur ces cas a également été communiquée au Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et à l’Organisation mondiale de la santé (OMS).

Références

1 Liu YY, Wang Y, Walsh TR, Yi LX, Zhang R, Spencer J, et al. Emergence of plasmid-mediated colistin resistance mechanism MCR-1 in animals and human beings in China: a microbiological and molecular biological study. Lancet Infect Dis. 2016;16(2):161-8.

2 Skov R, Monnet D. Plasmid-mediated colistin resistance (mcr-1 gene): three months later, the story unfolds. Euro Surveill. 2016 ; 21(9) : pii=30155.

3 Centers for Disease Control and Prevention. Discovery of first mcr-1 gene in E. coli bacteria found in a human in United States, 31/05/2016

4 ECDC. Plasmid-mediated colistin resistance in Enterobacteriaceae. Rapid Risk Assessment, 15 juin 2016

5 Richard Bonnet, Centre national de référence de la résistance aux antibiotiques, laboratoire associé de Clermont-Ferrand (données personnelles).

6 Rolain JM et al. Plasmid-mediated mcr-1 gene in colistin-resistant clinical isolates of Klebsiella pneumoniae in France and Laos. Antimicrob Agents Chemother 29/08/2016.

7 Haut Conseil de la Santé Publique. Recommandations pour la prévention de la transmission croisée des « Bactéries Hautement Résistantes aux antibiotiques émergentes » (BHRe).

8 Anses. Résistance aux antibiotiques : de nouveaux éléments concernant la colistine.

9 Avis du Haut Conseil de la santé publique relatif aux mesures à prendre en lien avec l’émergence d’une résistance plasmidique à la colistine (mcr-1) chez les entérobactéries.

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