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Points de situation

Publié le 22/12/2016

Point sur les infections à entérovirus au 9 décembre 2016

Santé publique France

Centre national de référence pour les entérovirus et parechovirus

Direction des maladies infectieuses

12 rue du Val d’Osne
94415  SAINT MAURICE Cedex
Tél.  : 01 41 79 68 74
Fax : 01 41 79 68 72

CHU de Lyon

Laboratoire de Virologie
Centre de biologie Nord
103 Grande Rue de la Croix Rousse
69317  Lyon Cedex
Tél. : 04 72 07 10 56
Fax : 04 72 00 37 54

CHRU de Clermont Ferrand

Laboratoire de virologie
Centre de biologie
58 rue Montalembert
63003 Clermont Ferrand Cedex
Tél. : 04 73 75 48 50
Fax : 04 73 75 48 51

Contexte

Les entérovirus (EV) se distribuent partout dans le monde. Ils circulent tout au long de l’année dans les régions tropicales. Dans les zones tempérées telles que la France, on observe tous les ans, en été et automne, une augmentation des diagnostics d’infections à entérovirus (cf. figure 1 ci-dessous), principalement liée à la recrudescence des méningites. Cette augmentation peut s’observer dès le mois de mai mais survient le plus souvent en juin-juillet. En 2015, le pic estival (S29) a été suivi d’une persistance de circulation des EV jusqu’au début de l’hiver.

Figure 1

Infections à entérovirus : distribution des cas positifs par semaine, réseau de surveillance des entérovirus RSE**, France, 1er janvier 2005 - 30 novembre 2016 (données provisoires pour 2016)

Infections à entérovirus : distribution des cas positifs par semaine, réseau de surveillance des entérovirus RSE**, France, 1er janvier 2005 - 30 novembre 2016 (données provisoires pour 2016)

**RSE : réseau de surveillance des entérovirus, liste des laboratoires en fin de document

Manifestations cliniques

Les infections humaines à entérovirus sont fréquentes et prennent des formes symptomatiques très variées. Elles touchent surtout les enfants de moins de 15 ans. La transmission du virus se fait par contact de personne à personne à partir des virus excrétés dans les selles et au niveau du rhino-pharynx. D’autres modes de transmission sont également possibles : via la salive ou au contact de lésions cutanées dans le cas des syndromes pied-main-bouche, mais aussi par transmission materno-fœtale à l’origine d’infections néo-natales. Pour la grande majorité des patients infectés, l’infection est pauci symptomatique (affections fébriles non spécifiques) ou asymptomatique. L’évolution est en règle bénigne, hormis chez le nouveau-né qui peut développer une infection systémique potentiellement fatale et chez les patients avec une immunodépression de type humorale ou sous certains traitements immunosuppresseurs.

Les manifestations les plus fréquemment rapportées et diagnostiquées sont neurologiques, majoritairement représentées par des méningites ne nécessitant qu’un traitement symptomatique et évoluant rapidement vers la guérison sans séquelles. Dans de très rares cas, on peut observer des encéphalites (habituellement moins d’une dizaine de cas par an en France), des paralysies et des ataxies. Bien que tous les entérovirus soient potentiellement neurotropes, certains entérovirus comme l’echovirus 30 (E-30), l’E-6, l’E-11, l’E-13, l’E-18 ou le coxsackievirus B5 sont de manière prédominante impliqués dans les méningites, mais de nombreux autres types d’entérovirus peuvent aussi être associés. Une cocirculation annuelle de nombreux types d’EV est observée, avec la prédominance d’un type particulier (représentant à lui seul au moins 50 % des cas) lors des années où l’épidémie est plus marquée.
Les autres symptomatologies comprennent  le syndrome pied-main-bouche (surtout associé aux coxsackievirus A-6, A-16 et A-10, plus rarement à l’entérovirus EV-A71 dans notre pays, contrairement à ce qui est observé en Asie), et les infections néonatales (surtout associées à l’echovirus 11 et aux coxsackievirus B). Sont également rapportés des syndromes respiratoires le plus souvent peu sévères (associés notamment à l’EV-D68), des atteintes cardiaques (myocardites et péricardites aigues, impliquant surtout des coxsackievirus B), des syndromes digestifs (liés surtout aux echovirus).

Surveillance des entérovirus en France

En France, la surveillance des infections à entérovirus est assurée depuis 2000 par un réseau de laboratoires volontaires (Réseau de surveillance des entérovirus, RSE, coordonné par le CNR et Santé publique France). Les données d’activité concernant les diagnostics d’infection à entérovirus sont recueillies de façon mensuelle. Depuis 2013, elles sont saisies en ligne sur un site dédié, hébergé par le CNR à Clermont-Ferrand: http://cnr.chu-clermontferrand.fr). Cette surveillance cible majoritairement les infections neuro-méningées à EV. Par ailleurs, depuis 2012, le CNR a mis en place une surveillance hospitalière renforcée des infections à EV sévères (notamment néonatales et respiratoires) et une surveillance communautaire des syndromes pied-main-bouche. En complément, une surveillance des passages aux urgences pour un diagnostic de méningite à entérovirus est assurée par le réseau Oscour/Santé publique France. Ce réseau a actuellement une couverture de près de 90 % des services d’urgences adultes et pédiatriques au niveau national et permet une détection précoce de toute augmentation d’incidence de ces méningites.

Situation épidémiologique au 9 décembre 2016

Comme le montre la figure 2 ci-après, en 2016, les services d’urgence appartenant au système de surveillance Oscour/Santé Publique France ont commencé à observer une augmentation du nombre de passages aux urgences pour méningites virales à partir de la semaine 22 (30 mai au 5 juin), avec un pic épidémique au cours de la semaine 26 (27 juin au 3 juillet). Le nombre hebdomadaire de cas était assez comparable à celui observé au cours des deux années précédentes, avec une persistance de la circulation des entérovirus au cours des mois de septembre et octobre.

Figure 2

Passages aux urgences pour méningite à entérovirus, données Oscour*/Santé publique France, France entière, comparaison 2014-2016 (1er janvier au 30 novembre 2016, données provisoires)

Passages aux urgences pour méningite à entérovirus, données Oscour*/Santé publique France, France entière, comparaison 2014-2016 (1er janvier au 30 novembre 2016, données provisoires)

Les données du RSE disponibles au 9 décembre montrent une répartition hebdomadaire du nombre de LCR détectés positifs en EV comparable à celle observée en 2014 et un pic estival (en semaine 28) de faible ampleur.

Figure 3

LCR positifs pour les entérovirus par semaine, 1er janvier au 30 novembre 2016, comparaison avec les années 2014-2015 (source : RSE, données provisoires pour 2016)

LCR positifs pour les entérovirus par semaine, 1er janvier au 30 novembre 2016, comparaison avec les années 2014-2015 (source : RSE, données provisoires pour 2016)

En 2016, parmi 1323 infections neuro-méningées à EV, les 5 principaux types identifiés à ce jour sont : E-30, E-6, E-9, E5 et EV-A71 (données provisoires). En revanche, cette année a été marquée par le signalement d’un nombre inhabituel d’infections neurologiques sévères associées notamment à l’EV-A71 avec absence de détection de l’EV dans le LCR (cf paragraphe ci-après).

Parallèlement, la surveillance renforcée des atteintes neurologiques sévères a conduit comme en 2014 à identifier un nombre important d’échantillons respiratoires positifs pour la détection d’EV/Rhinovirus. Cela a permis de mettre en évidence une forte circulation de l’EV-D68 avec 154 cas d’infections identifiés depuis le début de l’année 2016. Certains cas ont été associés à des formes neurologiques sévères.

Atteintes pédiatriques sévères liées à des EV-A71 et EV-D68

Contexte

Le 6 juillet 2016, le service de neurologie pédiatrique de l'hôpital Necker-Enfants malades (Paris) signalait à la Cire Ile-de-France une augmentation des myélites et d'encéphalomyélites par rapport à ce qu'il observe habituellement, avec 6 cas diagnostiqués en un mois. Il s'agissait de formes graves avec une mauvaise récupération, dont 2 hospitalisés en réanimation. Les investigations initiales ont montré une infection à entérovirus chez 5 patients (dont une causée par un EV-A71).
Aucun autre épisode de ce type n'avait été jusqu’alors signalé en France. Ce signal survenait dans un contexte de surveillance renforcée mise en place par Santé publique France et le CNR des entérovirus suite au signalement fin mai 2016 d’un foyer d'infections graves à entérovirus (majoritairement dues à EV-A71) en Catalogne. Ce foyer affectait essentiellement des enfants présentant des atteintes neurologiques de type encéphalite, rhombencéphalite et paralysie flasque aigue.

Face à ce signal, une recherche prospective et rétrospective (depuis le 15 mars 2016)  des cas a été lancée  par les neuro-pédiatres de Necker auprès de tous les services de neuro-pédiatrie, réanimation et pédiatrie générale afin que tous les cas soient signalés à Santé publique France. Simultanément, le CNR a alerté les laboratoires participant au Réseau de surveillance des entérovirus (RSE) et rappelé la nécessité de faire réaliser par les cliniciens des prélèvements périphériques (naso-pharyngés et selles) en plus des prélèvements de LCR (la détection d’EV pouvant être négative en cas d’infection neurologique sévère). Un message d'information a aussi été communiqué aux cliniciens adultes participant à l'enquête ENCEIF (enquête de cohorte prospective mise en place en janvier 2016 étudiant les encéphalites). Au niveau européen, un message d’alerte a été envoyé aux autres pays afin de les informer de la situation française et s'enquérir de la situation dans les pays de l'UE. Dans les suites, l’ECDC a publié début août un « Rapid risk assessment » sur la détection des entérovirus en lien avec des atteintes neurologiques sévères en Europe. 

Bilan de la situation en France au 31 octobre 2016 (détails, cf. article Eurosurveillance du 17/11/2016)

  • 59 cas pédiatriques ont été recensés Age médian : 3 ans (de 1 mois à 15 ans)
  • Sexe ratio H/F=1,2
  • Deux tiers des patients vivaient en Ile de France (n=38), 17 % en Auvergne-Rhône-Alpes (n=10), les autres régions n’ont signalé qu’un à deux cas.
  • Les dates de début des signes étaient comprises entre le 16 mai et le 30 octobre 2016 (pic épidémique entre les 11 et 17 juillet)
  • 52 cas (88 %) présentaient des signes d’atteinte neurologique sévère (rhombencéphalite, encéphalite, cérébellite, myélite, atteinte des paires crâniennes, dont certaines associées entre elles), 4 une atteinte cardiaque (myocardite, péricardite, choc cardiogénique) et 3 un sepsis néo-natal.
  • 1 cas est décédé dans un tableau de choc cardiogénique (mais défaillance bulbaire possible, le décès étant survenu rapidement avant la réalisation de l’IRM), 21 autres cas (35,5 %) sont restés hospitalisés de façon prolongée en raison de la sévérité de leur atteinte et/ou présentaient encore des déficits neurologiques à la sortie.
  • La PCR EV sur LCR n’a été trouvée positive que dans 8 cas (13,5 %), et la mise en évidence des EV a été essentiellement obtenue sur les prélèvements périphériques (détection positive par PCR dans les selles et les échantillons rhinopharyngés dans respectivement 73 % et 63 % des cas)
  • Pour 42 cas (71 %), l’entérovirus en cause a pu être séquencé: 21 cas liés à un EV-A71 (18 de sous-génotype C1 et 3 C2), 8 à un EV-D68 et 13 cas pour lesquels divers EV ont été trouvés

Rappel sur l’EV-A71 

Comme pour toutes les infections à EV, la plupart des infections à EV-A71 demeure asymptomatique ou se résume à un tableau fébrile aspécifique.

La symptomatologie la plus fréquente est le syndrome pied-main-bouche (SPMB), qui se traduit classiquement par un syndrome grippal suivi 2 jours plus tard par une diarrhée, de vésicules dans la cavité buccale, une éruption de la paume des mains et de la plante des pieds. Cependant, l’infection à EV-A71 peut s’accompagner d’atteintes neurologiques parfois sévères pouvant  entraîner des séquelles voire des décès. La plupart des cas et des séquelles neurologiques sont observées chez l’enfant en bas âge (avant 3 ans). Ces formes graves ont été jusqu’alors surtout décrites lors de flambées épidémiques de SPMB en Asie du Sud-Est et en Chine, où le virus EV-A71 est endémique.

Il n’y a pas de traitement spécifique, ni de vaccin actuellement disponible en Europe, même si  depuis peu il existe un vaccin mis au point en Chine.  La transmission du virus est feco-orale, mais aussi via les sécrétions respiratoires et la salive d’une personne infectée, qu’elle soit symptomatique ou non.

En France, seuls des cas sporadiques de méningoencéphalites liées à un EV-A71 avaient jusqu’alors été observés au cours de ces 15 dernières années, avec une circulation majoritaire de sous génotype C2 depuis 2006. En 2016, le sous-génotype C1 était majoritaire et les virus détectés correspondaient à un nouveau variant déjà détecté en Allemagne en 2015. Ce sous-génotype est différent de celui qui circule actuellement en Asie sous forme épidémique (sous-génotype C4).
Les épisodes épidémiques décrits en Catalogne et en France sont  très inhabituels pour l’Europe, d’une part en raison de la gravité de la symptomatologie décrite, et d’autre part en raison de leur amplitude. Aucun autre foyer similaire contemporain de ces épisodes n’a été rapporté à l’ECDC par les pays européens au cours de l’été.

En pratique 

Les infections à entérovirus restent en règle bénignes, avec un nombre important de cas  asymptomatiques.  Toutefois, toute symptomatologie fébrile associée à une symptomatologie neurologique devrait faire évoquer le diagnostic d’infection à entérovirus et impose une consultation médicale.
L’évolution des méningites à entérovirus, symptomatologie la plus fréquente, se fait en règle vers la guérison, le traitement antibiotique est inutile. L’analyse de la situation observée en 2016 montre que, devant toute symptomatologie sévère, en particulier neurologique, pouvant évoquer un diagnostic d’infection à entérovirus, la recherche du génome des EV dans le LCR doit être complétée par la réalisation de prélèvements périphériques pour pouvoir confirmer le diagnostic, et permettre le génotypage de l’EV en cause.

Il reste impératif de renforcer les règles d’hygiène familiale et/ou collective (lavage des mains notamment) dans l’entourage des patients, des personnes immunodéprimées et des femmes enceintes afin de limiter la transmission de ces virus.

  • En savoir plus :

Site web du CNR des Enterovirus/parechovirus : http://cnr.chu-clermontferrand.fr

Antona D, Kossorotoff M, Schuffenecker I, Mirand A, Leruez-Ville M, Bassi C, Aubart M, Moulin F, Lévy-Bruhl D, Henquell C , Lina B, Desguerre I. Severe paediatric conditions linked with EV-A71 and EV-D68, France, May to October 2016. Euro Surveill. 2016;21(46):pii=30402.

Archimbaud C, Ouchchane L, Mirand A, Chambon M, Demeocq F, Labbé A, Laurichesse H, Schmidt J, Clavelou P, Aumaître O, Regagnon C, Bailly JL, Henquell C, Peigue-Lafeuille H. Improvement of the Management of Infants, Children and Adults with a Molecular Diagnosis of Enterovirus Meningitis during Two Observational Study Periods. PLoS One 2013 Jul 11;8(7):e68571.

ECDC. Rapid risk assessment. Outbreak of enterovirus A71 with severe neurological symptoms among children in Catalonia, Spain 14 June 201

ECDC. Rapid risk assessment. Enterovirus detection associated with severe neurological symptoms in children and adults in European countries. 8 August 2016.

Mirand A, Henquell C, Archimbaud C, Ughetto S, Antona D, Bailly JL, Peigue-Lafeuille H. Outbreak of hand, foot and mouth disease/herpangina associated with coxsackievirus A6 and A10 infections in 2010, France: a large citywide, prospective observational study. Clin Microbiol Infect. 2012 May;18(5):E110-8.

Schuffenecker I, Mirand A, Antona D, Henquell C, Chomel JJ, Archimbaud C, Billaud G, Peigue-Lafeuille H, Lina B, Bailly JL. Epidemiology of human enterovirus 71 infections in France, 2000-2009. J Clin Virol. 2011 Jan;50(1):50-6.

Schuffenecker I, Henquell C, Mirand A, Coste-Burel M, Marque-Juillet S, Desbois D, Lagathu G, Bornebusch L, Bailly J-L, Lina B. Detection of new introductions of enterovirus 71 subgenogroup C4, France, 2012. Emerging Infectious Diseases, 2014 Aug;20(8):1343-6

Kassab S, Saghi T, Boyer A, Lafon ME, Gruson D, Lina B, Fleury H, SchuffeneckerI. Fatal case of enterovirus 71 infection and rituximab therapy, France, 2012. Emerg Infect Dis. 2013 Aug;19(8):1345-7

Bailly JL, Mirand A, Henquell C, Archimbaud C, Chambon M, Charbonné F, Traoré O, Peigue-Lafeuille H. Génotypage et épidémiologie moléculairedes entérovirus non poliomyélitiques. Virologie 2008, 12(1) : 53-65

Antona D, Lévêque N, Chomel JJ, Dubrou S, Lévy-Bruhl D, Lina B. Surveillance of enteroviruses in France, 2000-2004. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2007;26(6): 403-12.

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Schuffenecker I, Mirand A, Josset L, Henquell C, Hecquet D, Pilorgé L, Petitjean-Lecherbonnier J, Manoha C, Legoff J, Deback C, Pillet S, Lepiller Q, Mansuy JM, Marque-Juillet S, Antona D, Peigue-Lafeuille H, Lina B. Epidemiological and clinical characteristics of patients infected with enterovirus D68, France, July to December 2014. Euro Surveill. 2016 May 12;21(19).

Participants au RSE en 2016 : Amiens (D Hecquet, C Segard, G Duverlie), Angers (CT Tran, A Ducancelle, F Lunel-Fabiani), Bayonne (D Leyssene), Besançon (A Coaquette, D Bettinger), Bordeaux (A Vilain-Parce, ME Lafon H Fleury) Brest (L Pilorge, C Payan), Cahors (I Mendes Martin, N Wilhem), Caen (C Schanen, J Petitjean, A Vabret), Clermont Ferrand (A Mirand, C Henquell, H Peigue-Lafeuille), Dijon (K Balay, C Manoha, JB Bour), Frejus (T Hubiche, P del Giudice), Grenoble (C. Morel-Baccard, P Morand), Haguenau (J Exinger), Lille (M Lazrek,  D Hober), Limoges (S. Rogez, S Alain), Lyon (I Schuffenecker, L Josset, G Billaud, B Lina), Marseille (L Ninove, R Charrel, X de Lamballerie), Montpellier (V Foulongne, M Segondy), Mulhouse (JM Delarbre), Nantes (M Coste-Burel) Nice (A Caramella, V Giordanengo), Orléans (A Guigon, J Guinard), Paris – Cochin (AS L’honneur, F Rozenberg), , Paris – St Louis (M Salmona, J Legoff, P Lagrange), Paris – Trousseau (K Saloum, A Schnuriger, A Garbarg-Chenon), Poitiers (A Bourgoin, N Lévêque), Reims (F Renois, L Andreoletti), Rennes (G Lagathu), Roanne (C Brechet), Rouen (V Lémée, M Gueudin, JC Plantier), St Etienne (S Pillet, B Pozzetto), Strasbourg (Q Lepiller,), Toulouse (JM Mansuy, C Mengelle, J Izopet), Toulon-CHI (C Poggi), Toulon-HIA (F Janvier), Tours (C Lier, C Gaudy, A Goudeau), Versailles (S Marque-Juillet, E Farfour).

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