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Points sur les connaissances

Publié le 20/10/2006 - Dernière mise à jour le 20/04/2009

Glossaire

A - B - C - D - E - F - G - H - I - J - K - L - M - N - O - P - Q - R - S - T - U - V - W - X - Y - Z

A

Agent pathogène : organisme (bactérie, virus, parasite...) ou substance pouvant causer une maladie.

Antibiogramme : méthode d'étude de la sensibilité d'une souche bactérienne aux antibiotiques. Le principe est de mettre la bactérie en présence du ou des antibiotique(s) et d’observer les conséquences sur la vie de la culture bactérienne. Il peut se faire en milieu solide sur gélose (méthode des disques) ou en milieu liquide (méthode des dilutions). L’antibiogramme permet de catégoriser une souche bactérienne en classes semi-quantitatives (sensible, intermédiaire ou résistant) et d’orienter le traitement antibiotique.

Antibiotique : substance d'origine biologique, hémi-synthétique ou de synthèse, ayant un effet ciblé sur les micro-organismes (principalement les bactéries), utilisée pour le traitement des infections bactériennes. Les antibiotiques perturbent le métabolisme des bactéries et peuvent avoir un effet drastique (tuant la bactérie) ou statique (stoppant son développement). Ils ont différents modes d’action : action sur la paroi bactérienne, sur la membrane des cellules, sur l’ADN ou sur différentes protéines.
Définition de Turpin et Velu, 1957 : tout composé chimique, élaboré par un organisme vivant ou produit par synthèse, à coefficient chimio-thérapeutique élevé dont l'activité thérapeutique se manifeste à très faible dose d'une manière spécifique, par l'inhibition de certains processus vitaux, à l'égard des virus, des microorganismes ou même de certains êtres pluricellulaires.

Antibiotype : expression phénotypique en termes d'antibiogramme. Celui-ci peut être naturel, propre à l'espèce ou acquis en rapport avec divers mécanismes de résistance.

Antifongique : substance d'origine biologique ou synthétique qui s'oppose au développement des mycètes inférieurs.

B

Bacille acido-alcoolo-résistant ou BAAR : bactérie du groupe des mycobactéries tel le bacille tuberculeux (Bacille de Koch) qui sous l'action de l'acide et de l'alcool ne se décolore pas après coloration soit par la fuchsine basique (coloration de Ziehl-Neelsen) soit par l'auramine, colorant fluorescent.

Bactérie : micro-organisme unicellulaire sans noyau (procaryote) dont le génome est constitué d'ADN circulaire. La bactérie contient un seul chromosome et éventuellement des plasmides. Les bactéries sont capables de se développer dans un environnement adapté : elles effectuent pour leur compte les synthèses cellulaires nécessaires à leur croissance et à leur multiplication, à la différence des parasites obligatoires et des virus.

Bactérie multirésistante ou BMR : souche bactérienne ayant une résistance associée à au moins deux antibiotiques différents, appartenant à des familles différentes, par des mécanismes indépendants dont leur présence concomitante chez la bactérie est de fréquente.
Bêta-lactamases à spectre étendu ou BLSE  : ce sont des enzymes qui hydrolysent toutes les bêta-lactamines jusqu'aux C3G mais respectent les céphamycines et l'imipénème. Elles sont apparues à la suite de modifications survenues sur les plasmides qui codent pour les TEM1, TEM2, SHV1 ou SHV2 et sont appelées TEM3 à TEM9 ou SHV3 à SHV5. De nouvelles BLSE, de type CTX-M, apparues chez E. coli sont en émergence en communauté et à l’hôpital. Plasmidiques, elles sont transférables et sensibles aux inhibiteurs de béta-lactamases. On les trouve surtout chez Klebsiella pneumoniae et plus rarement chez Enterobacter,Citrobacter ou Escherichia coli.
Elles sont détectées in vitro en testant côte à côte deux disques, une C3G et une association contenant de l'acide clavulanique. En présence d’une BLSE, on obtient une image caractéristique de synergie d'action en "bouchon de champagne". Il importe de pratiquer cette recherche car les souches qui produisent ces enzymes, multirésistantes, peuvent, sur l'antibiogramme standard, être déclarées sensibles car les diamètres d'inhibition mesurés autour des disques des C3G ne sont pas toujours suffisamment diminués.

C

Chromosome bactérien : double brin d'ADN circulaire surenroulé.

Concentration minimale inhibitrice : la plus faible concentration d'antibiotique (mg/l) pour laquelle il n'y a pas de croissance visible de la souche bactérienne étudiée, les conditions de culture étant standardisées.

Culture bactérienne : propagation de bactérie à la surface d'un milieu nutritif gélosé (Trypticase soja et Brucella) ou liquide (bouillon et Escherichia coli) ou dans des cellules.

E

Enzyme : molécule (protéique ou ARN dans le cas des ribosomes) qui accélère les réactions chimique du métabolisme, on parle de catalyseur biologie. Ex : la pénicillinase est une enzyme qui dégrade les molécules de pénicilline. Produite par une bactérie, elle inhibera l’effet d’un traitement antibiotique par pénicilline.

Espèce : ensemble d'individus présentant des similitudes génétiques et/ou physiologiques.
Les espèces bactériennes sont regroupées en familles et en genre. Ainsi, Klebsiella pneumoniae appartient à la famille des entérobactéries et au genre Klebsiella.

I

Incidence : nombre de nouveaux cas d’une maladie, ou de tout autre problème de santé, dans une population donnée, sur une période de temps définie. L’incidence cumulée (ou taux d’incidence, ou taux d’attaque en période épidémique) est ce nombre rapporté au nombre d’individus présents au cours de la période (ex : nombre de patient admis dans un service). La densité d’incidence est l’incidence rapportée au nombre d’individus multiplié par sa période de présence (ex : somme des journées d’hospitalisation dans un service).

Infection nosocomiale : une infection est dite nosocomiale « si elle apparaît au cours ou à la suite d’une hospitalisation et si elle était absente à l’admission à l’hôpital. Lorsque la situation précise à l’admission n’est pas connue, un délai d’au moins 48 heures après l’admission (ou un délai supérieur à la période d’incubation lorsque celle-ci est connue) est communément accepté pour distinguer une infection nosocomiale d’une infection communautaire » (source : Guide des «100 recommandations pour la surveillance et la prévention des infections nosocomiales»).

M

Mécanisme de résistance : pour résister aux effets des antibiotiques, les bactéries peuvent mettre en ouvre différents mécanismes de résistance : produire des enzymes capables de les inactiver (ex : bêta-lactamase, enzyme inhibant les aminosides, ….), en diminuant la perméabilité de leur membrane (ne concerne que les bactéries à GRAM négatif), en modifiant la structure de leur cible (protéine de liaison de la pénicilline, cible ribosomiale,…).

Multirésistance : une bactérie est dite multirésistante aux antibiotiques lorsque, du fait de l’accumulation de résistances acquises à plusieurs familles d’antibiotiques, elle n’est plus sensible qu’à un petit nombre de molécules utilisables en thérapeutique.

Mutation : altération du matériel génétique (ADN ou ARN) d'une cellule ou d'un virus qui entraîne une modification durable de certains caractères par la transmission héréditaire de ce matériel génétique de génération en génération.

P

Plasmide : ADN double brin, extra-chromosomique, généralement circulaire pouvant exister et se répliquer indépendamment du chromosome ou y être intégré. Un plasmide est transmis aux cellules filles de manière stable. Les plasmides existent surtout chez les bactéries mais sont aussi présents chez certaines cellules eucaryotes telles que les levures.

Prévalence : nombre de cas d’une maladie, ou de tout autre problème de santé, dans une population définie, à un moment donnée. Le taux de prévalence est ce nombre de cas rapporté au nombre d’individus présent le jour donné.

Pression de sélection antibiotique : présence d’antibiotique perturbant le métabolisme d’une souche bactérienne et favorisant son adaptation par l’apparition d’un mécanisme de résistance à cet antibiotique.

R

Résistance aux antibiotiques : capacité d’un micro-organisme à résister aux effets des antibiotiques. Elle peut concernée un antibiotique ou une famille d’antibiotiques. Les souches catégorisées « résistantes » pour un antibiotique présentent une forte probabilité d'échec thérapeutique quel que soit le type de traitement et la dose prescrite de cet antibiotique. On distingue deux types de résistances :
- résistance naturelle : résistance à une famille d'antibiotique, innée et présente chez toutes les souches appartenant à la même espèce bactérienne ;
- résistance acquise : résistance à un antibiotique d'une souche bactérienne appartenant à une espèce habituellement sensible à cet antibiotique acquise par une modification du capital génétique de la souche. Cette modification peut être due à une mutation chromosomique ou à l'acquisition de plasmides de résistance.

Résistance chromosomique : résistance due à la mutation d'un gène intéressant le mécanisme d'action de l'antibiotique. Ce phénomène rare, spontané, se fait au hasard, est stable et héréditaire. La résistance n'est pas transmise aux bactéries en dehors de la descendance.

Résistance croisée : résistance, par le même mécanisme, d'une souche bactérienne à deux ou plusieurs antibiotiques d'une même famille.

Résistance plasmidique : résistance due à la présence d'un plasmide dans la bactérie. Dans une même bactérie, il peut y avoir plusieurs plasmides différents et plusieurs copies d'un même plasmide. Cette résistance est transmise aux bactéries filles, mais n'est pas définitive. Un même plasmide peut être porteur de plusieurs mécanismes de résistance.

S

Septicémie : Infection générale grave correspondant à des décharges massives et régulières de micro-organismes dans la circulation systémique à partir d’un foyer initial.

T

Toxi-infection alimentaire collective ou Tiac : survenue d’au moins deux cas groupés de maladies ayant des symptômes similaires, le plus souvent digestifs, dont on peut rapporter la cause à une même origine alimentaire.

V

Virus : particule microscopique infectieuse possédant un seul type d'acide nucléique (ADN ou ARN) qui ne peut se répliquer qu'en pénétrant dans une cellule et en utilisant sa machinerie cellulaire. Les virus sont en général des micro-organismes pathogènes.

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