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BEH - Bulletin épidémiologique hebdomadaire

Publié le 16/04/2013

BEH n°12-13/2013

16/04/2013
Numéro thématique – Mycoses invasives en France : épidémiologie, enjeux diagnostiques et thérapeutiques

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Le numéro (pdf- 1,90 Mo)

 
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    Renée Grillot
    Professeur émérite à l’Université Joseph Fourier Grenoble, UFR de Pharmacie

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    Dounia Bitar et al.
    Auteur correspondant : Didier Che (d.che@invs.sante.fr)
    Institut de veille sanitaire, Saint-Maurice, France

    La littérature montre que l’incidence des infections fongiques invasives (IFI) semble en augmentation, mais peu de données épidémiologiques à l’échelle nationale sont disponibles. Nous avons analysé les données du PMSI en France métropolitaine entre 2001 et 2010, pour estimer l’incidence et la létalité des cinq principales IFI, analyser leurs tendances et décrire leurs principaux facteurs de risque (Fdr).

    Au total, 35 876 cas incidents ont été identifiés (incidence globale : 5,9 cas/100 000 personnes/an), dont : candidémies (43,3 %), pneumocystoses (26,1 %), aspergilloses invasives (AI : 23,9 %), cryptococcoses (5,2 %) et mucormycoses (1,5 %). La létalité était de 27,6 %. Chaque année, l’incidence des candidémies, AI et mucormycoses augmentait de 7,8 %, 4,4 % et 7,3 % et celle des pneumocystoses et cryptococcoses diminuait de 8,5 % et 9,8 %, respectivement (p<0,05). L’incidence des candidémies, AI et mucormycoses associées à des hémopathies ou cancers augmentait et celle des pneumocystoses et cryptococcoses avec VIH/sida diminuait. Pour d’autres Fdr, l’incidence spécifique augmentait : diabète et candidémies (+8,3 %/an), insuffisance rénale chronique et candidémies, AI ou pneumocystoses (+10,3 %, +21,0 % et +13,5 % par an, respectivement), transplantations d’organes et pneumocystoses (+13,0 % par an). Cette augmentation d’incidence des IFI incite à conduire une réflexion sur les évolutions nécessaires en termes de prise en charge des patients.

    Mots-clés : infections fongiques invasives, incidence, population générale , facteurs de risque
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    Alexandre Alanio
    Université Paris-Diderot, Hôpital Saint-Louis (AP-HP), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Paris, France
    Auteur correspondant : Stéphane Bretagne (stephane.bretagne@sls.aphp.fr)
    Centre national de référence des mycoses invasives et antifongiques, Institut Pasteur, Paris, France

    Le diagnostic des infections fongiques invasives reste difficile malgré l’avènement de nouveaux outils. Parmi les biomarqueurs, le galactomannane sérique en criblage deux fois par semaine conserve tout son intérêt malgré la persistance de nombreux faux positifs et les faux négatifs dans les nouvelles populations à risque d’aspergillose non neutropéniques. Le b(1-3)-Dglucane semble avoir un intérêt essentiellement dans le diagnostic de la pneumocystose. Pour la recherche d’ADN par PCR, un consensus se dégage sur l’emploi exclusif d’un format quantitatif en temps réel et sur le sérum comme échantillon clinique à privilégier en raison des facilités des étapes pré-analytiques. La recherche d’ADN et de galactomannane dans le lavage broncho-alvéolaire soulève des problèmes d’interprétation entre contamination, colonisation et maladie avérée. En parallèle, l’identification de l’espèce est une étape primordiale pour adapter le traitement antifongique. Des méthodes rapides comme la spectrométrie de masse de type MALDI-TOF (Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight) et le test PNA FISH (Peptide Nucleic Acid Fluorescence in Situ Hybridization) s’ajoutent aux techniques existantes pour accélérer l’identification des espèces les plus fréquentes. Pour les espèces rares responsables d’infections invasives, les méthodes de biologie moléculaires sont à encourager pour aboutir à l’identification la plus précise possible, aussi bien pour des raisons épidémiologiques que thérapeutiques.

    Mots-clés : infection fongique invasive, diagnostic, microbiologie
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    Frédéric Grenouillet (fgrenouillet@chu-besancon.fr) et al.
    CHRU, Mycologie-Parasitologie, Besançon, France
    Groupe anti-infectieux, Comité de bon usage des produits de santé, CHRU, Besançon, France

    La diversification de l’arsenal thérapeutique antifongique a été un progrès indéniable au cours des 20 dernières années et a amélioré le pronostic des infections fongiques invasives. La prise en compte des référentiels nationaux et internationaux, leur adaptation au sein de chaque centre hospitalier par des groupes multidisciplinaires dans le cadre du contrat de bon usage des produits de santé, et la réalisation régulière d’audits des prescriptions doivent permettre une optimisation des thérapeutiques. Les antifongiques systémiques représentent désormais la première dépense d’antiinfectieux à l’hôpital, devant les antibiotiques. Les contraintes économiques et les risques d’émergence de résistance plaident donc pour un usage raisonné et optimisé des antifongiques actuellement disponibles.

    Mots-clés : antifongiques systémiques, dépenses hospitalières, contrat de bon usage, résistance
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    Olivier Lortholary et al.
    Centre national de référence des mycoses invasives et antifongiques, Institut Pasteur, Paris, France
    CNRS URA3012, Paris, France
    Université Paris-Descartes, Hôpital Necker-Enfants Malades (AP-HP), Service des maladies infectieuses et tropicales, Centre d’infectiologie Necker-Pasteur, Paris, France
    Auteur correspondant : Stéphane Bretagne (stephane.bretagne@sls.aphp.fr)
    Centre national de référence des mycoses invasives et antifongiques, Institut Pasteur, Paris, France
    Université Paris-Diderot, Hôpital Saint-Louis (AP-HP), Laboratoire de parasitologie-mycologie, Paris, France

    Une étude prospective a été conduite pendant 3 ans (2005-2007) dans 12 hôpitaux universitaires français pour recenser les cas d’aspergilloses invasives (AI) prouvées ou probables. Les cas étaient déclarés par les mycologues après application des critères EORTC/MSG ; le nombre d’admissions par hôpital et de greffes ont été obtenus grâce aux registres nationaux. Ont été inclus 424 patients, soit une incidence médiane de 0,271/103 admissions (extrêmes : 0,072-0,910), sans variations saisonnières ou par année
    d’étude. Parmi les 393 adultes (hommes 62 %, âge moyen 56 ans), 78 % avaient une maladie hématologique sous-jacente, 15 % une AI prouvée et 92 % une atteinte pulmonaire. Les leucémies aiguës (34,6 %) et les greffes allogéniques de cellules souches (21,4 %) représentaient les facteurs de risque principaux, suivis des syndromes lymphoprolifératifs chroniques (21,6 %), qui émergent comme nouveau groupe à risque. Les autres facteurs de risque étaient les greffes d’organe solide (8,7 %), les tumeurs
    malignes solides (4,3 %), les maladies inflammatoires systémiques (4,6 %) et les pathologies respiratoires chroniques (2,3 %). Les cultures positives (n=245) confirmaient la prédominance d’Aspergillus fumigatus (culture pure=80 %). La recherche de galactomannane sérique était plus souvent positive (≥69 %) en hématologie que dans les autres
    pathologies (<42 % ; p<0,001). En traitement de première ligne, le voriconazole seul était le plus souvent prescrit (52 %), suivi des associations d’antifongiques (19,9 %), de la caspofungine (14 %) et d’une formulation lipidique d’amphotéricine B (8 %). La mortalité globale à 12 semaines était de 44,8 % ; elle était de 41 % quand le traitement de première ligne incluait le voriconazole contre 60% dans le cas contraire (p<0,001). Un âge avancé, la positivité de la culture fongique associée à celle du galactomannane, et une atteinte du système nerveux central ou un épanchement pleural étaient des facteurs indépendants de la mortalité à 12 semaines, alors qu’un traitement incluant au moins du voriconazole apparaissait protecteur.

    Mots-clés : aspergillose invasive, épidémiologie, facteur de risque, diagnostic, thérapeutique, survie
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    Charlotte Renaudat et al.
    Auteur correspondant : Françoise Dromer (francoise.dromer@pasteur.fr)
    Centre national de référence des mycoses invasives et antifongiques, Institut Pasteur, Paris, France

    L’Observatoire des levures est un système exhaustif et pérenne de surveillance épidémiologique et microbiologique des fongémies à levures en Île-de- France.
    Nous présentons les résultats concernant les candidémies dues aux espèces majoritaires chez les adultes. Entre le 1er octobre 2002 et le 30 septembre 2010, 2 571 isolats ont été identifiés au cours d’un premier épisode de candidémie chez 2 507 patients. Il s’agissait majoritairement d’hommes (60 %) âgés en moyenne de 60 ans et dont 48 % étaient hospitalisés en unité de soins intensifs. Les 6 espèces majoritaires étaient C. albicans (54,1 % des infections), C. glabrata (18 %), C. parapsilosis (11,1%), C. tropicalis (9 %), C. krusei (2,8 %) et C. kefyr (1,7 %) ; 3,3 % des candidémies étaient mixtes (plusieurs espèces fongiques). Les profils de sensibilité aux antifongiques ne différaient pas des résultats attendus pour chaque espèce et ne changeaient pas significativement au cours du temps. La distribution des espèces variait en fonction de l’âge, du type de pathologie sous-jacente, du secteur d’hospitalisation et de la pré-exposition à un antifongique avant la survenue de la fongémie. La mortalité brute à 30 jours était de 40,6 %, dont 58 % des décès survenus la première semaine. Les candidémies restent des infections hospitalières fréquentes associées à une mortalité élevée, inchangée sur la période d’étude.

    Mots-clés : épidémiologie, candidémie, antifongiques, hématologie, réanimation
 
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    Renée Grillot
    Professeur émérite à l’Université Joseph Fourier Grenoble, UFR de Pharmacie

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    Dounia Bitar et al.
    Auteur correspondant : Didier Che (d.che@invs.sante.fr)
    Institut de veille sanitaire, Saint-Maurice, France

    Invasive fungal infections (IFI) are seemingly increasing but populationbased estimates at a country level are scarce.
    We analysed the French hospital discharge dataset between 2001-2010 to describe the five major IFI and their risk factors, and to estimate their incidence, lethality and trends.
    A total of 35,876 incident cases were identified, including candidemia (43.3%), pneumocystosis (26.1%), invasive aspergillosis (IA: 23.9%), cryptococcosis (5.2%) and mucormycosis (1.5%), with an overall incidence of 5.9 cases/100,000 persons per year and a 27.6% lethality rate. The incidence of candidemia, IA and mucormycosis increased by 7.8%, 4.4% and 7.3% per year; it decreased by 8.5% and 9.8% per year for pneumocystosis and cryptococcosis, respectively (p<0.05). The incidence of candidemia, IA and mucormycosis associated with hematological malignancies or cancers increased; inversely the incidence of pneumocystosis and cryptococcosis associated with HIV/AIDS decreased. For other risk factors, the specific incidence of some IFI increased (p<0.05): diabetes-associated candidemia (+8.3% per year), chronic renal failure-associated candidemia, IA or pneumocystosis (+10.3%, +21.0% and +13.5% per year, respectively), and solid organ transplantassociated pneumocystosis (+13.0% per year).
    This increasing incidence of IFI represents a major challenge in terms of patient care and hospital needs.

    Key words : invasive fungal infections, incidence, population-based, risk factors
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    Alexandre Alanio et al.
    Université Paris-Diderot, Hôpital Saint-Louis (AP-HP), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Paris, France
    Auteur correspondant : Stéphane Bretagne (stephane.bretagne@sls.aphp.fr)
    Université Paris-Diderot, Hôpital Saint-Louis (AP-HP), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Paris, France
    Centre national de référence des mycoses invasives et antifongiques, Institut Pasteur, Paris, France

    The diagnosis of invasive fungal infections remains difficult despite the availability of new diagnostic tools. Among the biomarkers, the biweekly screening of galactomannan remains relevant despite false positives, and false negatives in the new non-neutropenic populations at risk of invasive aspergillosis. The (1-3)-b-D-glucan seems interesting mainly for diagnosing pneumocystis pneumonia. A consensus emerges for DNA detection using PCR on the exclusive use of real-time quantitative PCR format and on the use of serum as the most suitable specimen. DNA and galactomannan detection in bronchoalveolar lavage fluids raises interpretative issues between contamination, colonisation and true invasive disease. Additionally, identification at the species level is crucial for adapting the antifungal treatment. Rapid methods such as MALDI-TOF spectrometry and PNA FISH (Peptide Nucleic Acid Fluorescence in Situ Hybridization) are now available in addition to existing methods to speed identification of common species. For uncommon species involved in invasive fungal infections, molecular tools should be supported to obtain optimal identification for epidemiological and therapeutic issues.

    Key words : invasive fungal infections, diagnosis, microbiology
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    Frédéric Grenouillet (fgrenouillet@chu-besancon.fr) et al.
    CHRU, Mycologie-Parasitologie, Besançon, France
    Groupe anti-infectieux, Comité de bon usage des produits de santé, CHRU, Besançon, France

    The diversification of the antifungal armamentarium was an undeniable progress during the last 20 years and improved the prognosis of invasive fungal infections. The optimization of the therapeutic within every hospital is the result of (i) the adaptation of national and international guidelines by multidisciplinary groups within the framework on the good use of medication and (ii) prescription audits on a regular basis. Systemic antifungals are the largest hospital spending category among anti-infective agents, in front of antibiotics. The economic constraints and the risk of emergence of resistance plead for a reasoned and optimized use of available antifungal agents.

    Key words : systemic antifungals, hospital costs, good-practices, antifungal resistance
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    Olivier Lortholary et al.
    Centre national de référence des mycoses invasives et antifongiques, Institut Pasteur, Paris, France
    CNRS URA3012, Paris, France
    Université Paris-Descartes, Hôpital Necker-Enfants Malades (AP-HP), Service des maladies infectieuses et tropicales, Centre d’infectiologie Necker-Pasteur, Paris, France
    Auteur correspondant : Stéphane Bretagne (stephane.bretagne@sls.aphp.fr)
    Centre national de référence des mycoses invasives et antifongiques, Institut Pasteur, Paris, France
    Université Paris-Diderot, Hôpital Saint-Louis (AP-HP), Laboratoire de parasitologie-mycologie, Paris, France

    A prospective study of proven or probable invasive aspergillosis (IA) cases was implemented in 12 French academic hospitals over three years (2005-2007). The cases were declared by mycologists based on the EORTC/MSG criteria whatever the underlying diseases. Admissions per hospital and transplantation procedures were obtained through national registers.
    424 patients were included [mean incidence per hospital 0.271/103 admissions (0.072-0.910)] without variation according to seasons or years of the study. Among the 393 adult patients (62% men, mean age 56 years), 78% had an underlying hematological condition, 15% had proven IA, and 92% a pulmonary localisation. Acute leukaemia (34.6%) and allogenic stem cell transplantation (21.4%) were the main host factor, followed by chronic lymphoproliferative disorders (21.6%), which emerged as a new group at risk. The other underlying conditions included solid organ transplantation (8.7%), solid tumors (4.3%), inflammatory diseases (4.6%) or chronic respiratory
    diseases (2.3%).
    Aspergillus fumigatus remains the main isolated fungus (as a single pathogen = 80%) when cultures are positive (n=245). Serum galactomannan detection was more contributive (≥69%) in the context of hematological malignancies than other diseases (<42%; p<0.001). Voriconazole alone was the main first line therapy (52%), followed by antifungal associations (19.9%), caspofungin (14%), and a lipid formulation of amphotericin B (8%). Twelveweek overall mortality was 44.8%, 41% when first-line therapy included voriconazole and 60% otherwise (p<0.001). Older age, positivity for both culture and galactomannan, and central nervous system or pleural involvement
    were independent factors for 12-week mortality, while any strategy containing voriconazole appeared protective.

    Key words : invasive aspergillosis, epidemiology, risk factor, diagnosis, treatment, outcome
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    Charlotte Renaudat et al.
    Auteur correspondant : Françoise Dromer (francoise.dromer@pasteur.fr)
    Centre national de référence des mycoses invasives et antifongiques, Institut Pasteur, Paris, France

    The YEASTS program is an active epidemiological and mycological surveillance program on yeast fungemia in the Paris area. We present here the data concerning candidemia due to common species of Candida in adult patients. Between 1 October 2002 and 30 September 2010, 2,571 isolates were identified during a first episode of candidaemia in 2,507 patients, mostly men (60%), mean age 60 years; 48% were hospitalized in intensive care units. The 6 species involved were C. albicans (54.1%), C. glabrata (18%), C. parapsilosis (11.1%), C. tropicalis (9%), C. krusei (2.8%) and C. kefyr (1.7%); 3.3% of infections were mixed (several fungal species). The antifungal susceptibility profiles did not differ from expected results for each species. Species distribution varied with age, the underlying disease, type of wards, and pre-exposure to antifungals before the onset of fungemia. Crude mortality 30 days after the diagnosis was 40.6%, with nearly 58% of deaths in the first 8 days.
    Candidaemia remains frequent hospital infections associated with high mortality unchanged over the 8 years study.

    Key words : epidemiology, candidemia, antifungals, hematology, intensive care unit
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