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Résistance aux anti-infectieux

Publié le 07/04/2006 - Dernière mise à jour le 20/12/2017

Contexte, enjeux et dispositif de surveillance

Contexte et enjeux : une mobilisation collective

En France, un rapport de l’observatoire national français des prescriptions et consommations de médicaments publié en juin 1998 rapportait pour la première fois l’importance des prescriptions antibiotiques inopinées pour le traitement des infections respiratoires en médecine ambulatoire. Il soulignait les conséquences graves de l’usage excessif des antibiotiques en termes de résistance bactérienne et de coût pour la société ("Etude de la prescription et de la consommation des antibiotiques en ambulatoire". Rapport Ansm). Ce rapport a inspiré les premiers programmes gouvernementaux français sur le sujet. Il a conduit fin 1998 l’Institut de veille sanitaire (InVS) à coordonner un groupe d’experts pour élaborer des propositions d’actions pour la maitrise de la résistance bactérienne aux antibiotiques. Plusieurs de ces propositions ont été reprises dans les plans antibiotiques (plan 2001-2005 / plan 2007-2010 / plan 2011-2016). Le 22 décembre 2014, la ministre de la santé a mis en place un groupe de travail spécial sur la préservation des antibiotiques. Ce groupe a rendu son rapport à la ministre le 23 septembre 2015. Dans les suites de ce travail, une feuille de route « Antibiorésistance » a été mise en œuvre fin 2015 dans les suites du rapport Carlet « Ensemble, sauvons les antibiotiques ! » .

Aujourd’hui, les moyens mis en œuvre sous l’égide de Santé publique France ont doté la France d’une capacité à détecter rapidement l’apparition de nouvelles formes de résistances, à identifier des liens avec ce qui est observé en santé animale pour certaines bactéries et à surveiller et contrôler une épidémie. La contribution française à travers Santé publique France et ses partenaires à la surveillance européenne de la résistance aux antibiotiques en santé humaine (European Antimicrobial Resistance Surveillance Network, EARS-Net) souligne son implication au-delà des frontières française dans la maitrise de la résistance aux antibiotiques.

En Europe enfin, le centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a créé le 18 novembre 2008 la première "journée européenne de sensibilisation au bon usage des antibiotiques "autour du message : "des antibiotiques si nécessaire" ("only when necessary"). Cette journée reconduite chaque année a pour objectif de sensibiliser les professionnels de santé et le grand public aux risques associés à la surconsommation ou à l’usage inapproprié des antibiotiques. En France, cette journée est relayée par le ministère de la santé, Santé publique France et ses partenaires.

Réseaux et partenaires produisant des données RATB

En France, la surveillance de la résistance bactérienne aux antibiotiques repose sur de nombreux partenaires et réseaux de surveillance dont la coordination est placée sous l’égide de Santé publique France.
Ciblée sur des pathogènes spécifiques, la surveillance repose sur le volontariat des laboratoires participants, dans les établissements de santé et en ville. Les différentes données proviennent des Centres nationaux de référence, de réseaux de surveillance hospitaliers ou de ville, et des systèmes d’alerte tels que le signalement des infections nosocomiales. Pour compléter ce dispositif, Santé publique France a expérimenté de 2005 à 2009 un système électronique de transfert des résultats d’analyses microbiologiques à partir des 69 laboratoires privés d’analyses médicales du réseau Labville. Ce système a été abandonné en 2009 en raison de limites techniques.
En 2012/2013, Santé publique France a conduit, en partenariat avec le réseau Sentinelles (Inserm UMRS 707), une étude par échantillonnage auprès de médecins généralistes visant les patientes les consultant pour infection urinaire : étude Druti. Elle a montré que les IU à E coli communautaires vraies résistants aux C3G ou producteurs de BLSE sont peu fréquentes en France et que leur diffusion reste essentiellement une problématique hospitalière. Mais globalement, la surveillance de la résistance aux antibiotiques en ville en France reste à consolider. A cette fin Santé publique France a organisé a organisé avec la Direction générale de la santé en mai 2015 un séminaire avec les différents partenaires concernés. Il a permis d’identifier les grandes lignes d’un futur protocole commun de la surveillance de la résistance aux antibiotiques en médecine de ville en France. Ces éléments ont été ajoutés en annexe de l’instruction N° DGS/RI1/DGOS/PF2/DGCS/2015/212 du 19 juin 2015 relative à la mise en œuvre de la lutte contre l’antibiorésistance sous la responsabilité des Agences régionales de santé. Le paysage de la surveillance de la résistance aux antibiotiques devrait sensiblement changer à travers la mise en œuvre du réseau des 17 Centres de prévention des infections associées aux soins (CPias), dont les missions nationales ont vocation à couvrir les 3 secteurs de soins (établissements de santé, établissements médico-sociaux et ville).

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    Les Centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles sont nommés par arrêté du ministère de la santé pour une période de plusieurs années, sur proposition de Santé publique France.

    Les missions générales des CNR, définies par l’arrêté du 29 juin 2001, sont de quatre types :

    • expertise concernant la microbiologie, la pathologie des agents infectieux et leur sensibilité aux agents anti-infectieux ;
    • contribution à la surveillance épidémiologique ;
    • alerte par l'information immédiate de Santé publique France et du ministère chargé de la santé de toute constatation pouvant avoir des répercussions sur l'état sanitaire de la population ;
    • conseil des pouvoirs publics, des agences de sécurité sanitaire créées par la loi du 1er juillet 1998 et des professionnels de santé.

    Pour la période 2017-2022, le nouveau  réseau de Centres nationaux de référence (CNR) a été nommé par le ministre chargé de la Santé par l’arrêté du 7 mars 2017 (Journal Officiel n° 0058 le 9 mars 2017). Il liste ainsi 44 CNR. Parmi eux, 43 sont ciblés sur des espèces bactériennes pathogènes spécifiques. Leur mission de surveillance, qui repose sur l’étude des souches qui leur sont adressées via un réseau de laboratoires volontaires privés et publics, inclut la résistance aux anti-infectieux. Un 44ième CNR a pour missions sont de détecter et caractériser les nouveaux mécanismes de résistance : le CNR de la résistance aux antibiotiques, Il collabore avec les autres CNR.

    Les CNR et laboratoires associés dont les données ont été utilisées pour le site internet sont :

    • CNR Campylobacter et Helicobacter
    • CNR Escherichia coli et Shigella
    • CNR Gonocoques
    • CNR Haemophilus influenzae
    • CNR Méningocoques
    • CNR Mycobactéries et résistance des mycobactéries aux antituberculeux
    • CNR Mycologie et antifongiques
    • CNR Pneumocoques
    • CNR Salmonella
    • CNR Staphylocoques
    • CNR Streptocoques
    • CNR Résistance aux antibiotiques.

    Les coordonnées de tous les CNR sont disponibles dans le dossier thématique "Centres nationaux de référence".

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    Ces réseaux sont multiples et ont des modalités de fonctionnement variés. Certains surveillent l’incidence d’infections bactériennes résistantes nosocomiales (BMR-Raisin), d'autres permettent la mise en commun de données de résistance bactérienne sur la base d’un guide méthodologique commun (réseaux de l’Onerba), ou collaborent avec des Centres nationaux de référence par l’envoi de souches sur la base de critères définis (Observatoires Régionaux du Pneumocoque [ORP], Renago) et certains sont constitués des laboratoires collaborateurs de CNR (Salmonella, Campylobacters…).

    Réseaux de surveillance du Réseau d’alerte, d’investigation et de surveillance des infections nosocomiales

    La surveillance des bactéries multirésistantes (BMR), associée à la prévention de leur diffusion, est un axe majeur de la lutte contre les infections nosocomiales. Le réseau d’alerte, d’investigation et de surveillance des infections nosocomiales (Raisin) anime un réseau qui contribue à la surveillance de la résistance aux antibiotiques dans les établissements de santé : le réseau de surveillance des bactéries multirésistantes (BMR-Raisin). Ce réseau est soutenu par Santé publique France et sa coordination nationale est déléguée au centre de coordination de la lutte contre les infections nosocomiales (CClin) Paris-Nord. Il collige les données recueillies auprès d’établissements de santé volontaires dans les cinq interrégions.

    Le réseau BMR-Raisin conduit une surveillance prospective trois mois par an ciblée sur Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) et les entérobactéries productrices de béta-lactamase à spectre étendu (BLSE). Les souches retenues sont celles isolées de prélèvements à visée diagnostique chez un patient hospitalisé plus de 24h ; les doublons sont exclus.

    Parallèlement aux réseaux de surveillance annuels ou biannuels, le caractère de résistance aux antibiotiques des espèces bactériennes les plus fréquemment isolées d’infections nosocomiales (Staphylocoque doré, entérobactéries, pseudomonas, entérocoques, acinetobacter) est recueilli aux cours des enquêtes nationales de prévalence des infections nosocomiales et des traitements antibiotiques en établissements de santé (ENP), conduites en France tous les 5 ans depuis 1996 afin de mesurer leur fréquence parmi ces infections. Les rapports de ces différentes enquêtes sont disponibles à l’URL suivante : http://www.invs.sante.fr/enp. Une nouvelle enquête a été réalisée en mai-juin 2017 ; pour la première fois, elle a été conduite sur un échantillon de 400 établissements représentatif des établissements de santé français. Les résultats de cette enquête seront disponibles début 2018.

    Dernières données et tendances - S. aureus
    Dernières données et tendances - E. coli

    Réseaux de l’Observatoire national de l’épidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques (Onerba)

    Crée en 1997, l’Observatoire national de l’épidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques (Onerba) est une association loi 1901 qui fédère actuellement 16 réseaux de surveillance de la résistance bactérienne (3 réseaux de laboratoires d’analyses médicales de ville, 11 réseaux de laboratoires hospitaliers dont certains sont spécialisés dans la surveillance des bactéries multirésistantes, 1 réseau de laboratoires vétérinaires et le réseau de surveillance des pneumocoques détaillé plus loin). Dans le cadre d’une collaboration entre Santé publique France et l’Onerba, les réseaux Azay-résistance, Réussir et Ile-de-France fournissent au réseau européen EARS-Net (European Antimicrobial Resistance Surveillance Network) les données de résistance des principales bactéries isolées d’infections invasives chez des patients hospitalisés dans des services hospitaliers répartis sur l’ensemble du territoire français. Depuis 2014, les travaux de l’Onerba bénéficient d’un soutien financier conjoint de l’ANSM et de Santé publique France.

    Dernières données et tendances - S. aureus
    Dernières données et tendances - Enterococcus spp.
    Dernières données et tendances – E coli
    Dernières données et tendances – Pseudomonas
    Dernières données et tendances – Klebsiella

    Réseau du Centre national de référence des pneumocoques et des Observatoires régionaux du pneumocoque (ORP)

    La surveillance de la résistance de Streptococcus pneumoniae associe le CNR des pneumocoques (CNRP) à un réseau de 24 observatoires régionaux du pneumocoque (ORP), répartis sur l’ensemble du territoire et incluant des laboratoires publics et privés. En 2015, 205 laboratoires (incluant environ 15 %, de laboratoires privés d’analyses de biologie médicale), desservant environ 70 % des admissions hospitalières en médecine, ont participé à cette surveillance Le CNRP fournit par ailleurs les données nationales au réseau européen EARS-net. Depuis 2001, les efforts du CNRP ont porté sur une meilleure exhaustivité et représentativité du recueil des souches responsables d'infections pneumococciques sévères ou dites « invasives » (méningites ou bactériémies). Ceci permet une meilleure estimation de la proportion de souches de pneumocoque de sensibilité diminuée à la pénicilline G (PSDP) et de la proportion de souches résistantes à l’érythromycine ou aux fluoroquinolones. Il s’agit de souches non redondantes, doublons de prélèvements exclus.

    Dernières données et tendances - Streptococcus pneumoniae

    Réseaux de surveillance des Salmonella

    La surveillance de la résistance aux antibiotiques des Salmonella intègre les données concernant les salmonelles humaines par le CNR Escherichia coli, Shigella et Salmonella et les salmonelles d’origine non humaine réalisée dans le cadre du réseau Salmonella piloté par l’unité SEL ("Salmonella, E. coli, Listeria") du Laboratoire de Sécurité des aliments (LSA) de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses). En 1993 et en 1997, et systématiquement depuis 2002, le CNR des Salmonella étudie le profil de résistance d’un échantillon aléatoire de souches et les résultats des antibiogrammes qui lui sont transmis par un réseau de plus de 1 000 laboratoires privés et hospitaliers (1 185 en 2016).
     
    Dernières données et tendances - Salmonella enterica sérotype Enteritidis
    Dernières données et tendances - Salmonella enterica sérotype Typhimurium
    Dernières données et tendances - Salmonella enterica sérotype 1,4,[5] :12 :i :- (variant monophasique de S.Typhimurium)

    Surveillance des infections à Campylobacter chez l’homme en France

    Depuis avril 2002, la surveillance des infections à Campylobacter en France repose sur un réseau de laboratoires d’analyses de biologie médicale et de laboratoires hospitaliers. Les laboratoires participants recherchent systématiquement Campylobacter dans toute coproculture et envoient volontairement les souches qu’ils isolent au Centre national de référence (CNR) des Campylobacters et Hélicobacters. Depuis 2013, le CNR a mis en place un circuit de données sécurisé permettant la saisie directe des données en ligne par les laboratoires qui utilisent les mêmes méthodes que le CNR, notamment l’identification des espèces par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Il est prévu que ces laboratoires adressent une souche sur 10 au CNR pour contrôle. Pour chaque souche reçue, le CNR réalise une caractérisation de l’espèce et des tests de sensibilité aux antibiotiques par méthode de diffusion utilisant des disques. Depuis 2013, les antibiotiques testés sont : l’ampicilline, l’érythromycine, la gentamycine, la ciprofloxacine, ’association amoxicilline/acide-clavulanique et la tétracycline.

    Dernières données et tendances - Campylobacter coli
    Dernières données et tendances - Campylobacter jejunii 

    Réseau de surveillance des infections à gonocoques (Renago)

    La surveillance des infections à Neisseria gonorrhoeae repose depuis 1986 sur le réseau Renago associant le CNR des gonocoques et des laboratoires publics et privés volontaires répartis en France métropolitaine. Les laboratoires participant à la surveillance microbiologique envoient leurs souches de gonocoques au CNR qui réalise la surveillance de la résistance à différents antibiotiques : pénicilline G, ceftriaxone, céfixime, tétracycline, spectinomycine, azithromycine et ciprofloxacine.

    Jusqu’en 2006, l’indicateur principal de suivi de la résistance aux antibiotiques était la proportion de souches résistantes à la ciprofloxacine, qui était auparavant le traitement de première intention des urétrites non compliquées. Face aux taux élevés de résistance des gonocoques à la ciprofloxacine ces dernières années, l’AnSM  recommande l’utilisation de la ceftriaxone injectable en première intention depuis 2005.

    Depuis 2007, l'évolution de la sensibilité des gonocoques à la ceftriaxone (et au céfixime depuis 2008) est utilisée comme indicateur principal de suivi de la résistance aux antibiotiques. Pour permettre une comparaison des données de surveillance issues du réseau Rénago aux données internationales, compte-tenu des critères américains (protocole GISP) et européens (Euro-GASP) de baisse de sensibilité ou de résistance, deux valeurs de CMI sont indiquées pour la ceftriaxone et le céfixime (>0,125 et >0,25 mg/L). Le critère de définition de la résistance à la ciprofloxacine retenus dans le  cadre de ce réseau est le critère américain et européen (CMI≥1 mg/L) ; il est ainsi plus élevé que celui préconisé par le comité de l’antibiogramme de la société française de microbiologie (CA-SFM).

    Dernières données et tendances - Neisseria gonorrhoeae

    Réseau de surveillance de la résistance à Mycobacterium tuberculosis

    La surveillance de la résistance à Mycobacterium tuberculosis repose sur le réseau de laboratoires du CNR mycobactéries et résistance des mycobactéries aux antituberculeux (CNR MyRMA) mis en place en 1992 (environ 220 laboratoires en 2015) et le réseau AZAY-Mycobactéries de laboratoires de CHU, mis en place en 1995 (38 CHU en 2015). Le réseau AZAY-Mycobactéries surveille la résistance primaire et secondaire aux antituberculeux de première ligne. Le réseau du CNR MyRMA surveille la multirésistance de manière exhaustive.
    Depuis 2003, la notion de résistance à l'isoniazide et à la rifampicine est également recueillie par le biais de la déclaration obligatoire.

    Dernières données et tendances - Mycobacterium tuberculosis

    Réseau du Centre national de référence des méningocoques (CNRM)

    La surveillance de la résistance des méningocoques repose sur la collaboration entre le CNR des méningocoques (CNRM) et près de 700 laboratoires de microbiologie clinique qui adressent régulièrement leurs isolats pour confirmation et typages complémentaires. Cette surveillance porte essentiellement sur les antibiotiques d’intérêt thérapeutique et/ou  prophylactique (béta-lactamines, chloramphénicol et ciprofloxacine, et rifampicine). Les résultats présentés ici concernent les souches isolées d’infections invasives (méningites et méningococcémies, qui peuvent se compliquer de purpura fulminans).

    Dernières données et tendances - Neisseria meningitidis

    Réseau du Centre national de référence Haemophilus influenzae

    La surveillance de la résistance de Haemophilus influenzae repose jusqu'en 2016 sur le CNR des Haemophilus influenzae qui reçoit des souches isolées dans les laboratoires hospitaliers et de ville. En 2016, les souches invasives (liquide céphalo-rachidien, hémocultures, liquide articulaire) ont représenté 49 % des isolats reçus. Parmi les souches d’infections non invasives, 14 % avaient été responsables d’infections génitales ou materno-fœtales, 16 % d’otite moyenne aiguë du jeune enfant, et 60 % d’infections respiratoires. Le CNR Haemophilus influenzae participe à la surveillance européenne IBD-labnet des infections invasives à H. influenzae, Neisseria meningitidis et Streptococcus pneumoniae et coordonne en particulier le projet de surveillance de la résistance aux bêta-lactamines des isolats invasifs. 

    Dernières données et tendances – Haemophilus influenzae

    Réseau du Centre national de référence mycoses invasives et antifongiques

    La surveillance de la résistance aux antifongiques repose sur le CNR mycoses invasives et antifongiques qui reçoit des souches isolées par les laboratoires des hôpitaux de l’AP-HP, de Centres hospitaliers universitaires et des Centres hospitaliers généraux (CHG). L’envoi des souches au CNR est associé à une déclaration anonyme par le biais d’un serveur sécurisé RESOMYC. Les données disponibles sur la résistance des levures Candida aux antifongiques proviennent essentiellement de la surveillance des fongémies à levures (Observatoire des Levures) mise en place en région Ile-de-France en octobre 2002.

    Dernières données et tendances - Candida spp.

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    La résistance aux antibiotiques est un phénomène en constante évolution et une autre source d’information est l’investigation d’épidémies d’infection ou de colonisation bactérienne résistante ou multi-résistante ou de l’apparition de profils de résistance inhabituels. Dans les établissements de santé, ces épisodes sont identifiés par la procédure de signalement externe des infections nosocomiales mise en place par le décret du 26 juillet 2001. En ville, ces épisodes sont repérés par le biais des Centres nationaux de référence et de la déclaration obligatoire de certaines maladies transmissibles prévue par les articles L3113-1, D3113-6 et D3113-7 du code de la santé publique.

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    European Antimicrobial Resistance Surveillance Network (EARS-Net)

    Depuis janvier 2010, la surveillance de la résistance aux antibiotiques en santé humaine au niveau européen est coordonnée par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) à travers l'European Antimicrobial Resistance Surveillance Network (EARS-net).Il surveille la résistance aux antibiotiques de sept espèces bactériennes isolées d’hémoculture et le liquide céphalo-rachidien (hémocultures seules pour les staphylocoques et les entérocoques) : Staphylococcus aureus et Streptococcus pneumoniae depuis 1999, Escherichia coli, Enterococcus faecalis et Enterococcus faecium depuis 2001, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa depuis 2005 et Acinetobacter depuis 2012. Streptococus pneumoniæ est une espèce bactérienne essentiellement communautaire, tandis que les quatre autres sont à la fois communautaires et nosocomiales. Cette surveillance avait été mise en place en 1999 sous l’égide des Pays-Bas (RIVM) avec un financement par la Commission européenne et s’appelait European Antimicrobial Resistance Surveillance System (EARSS).
    La contribution française à EARS-Net repose sur l'Institut de veille sanitaire, le Centre national de référence du pneumocoque et trois réseaux de laboratoires fédérés au sein de l'Observatoire national de l'épidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques (Onerba).

    La résistance aux antibiotiques des autres espèces bactériennes est suivie au niveau européen dans le cadre de réseaux dédiés à ces espèces.

    Surveillance de la tuberculose en Europe

    La surveillance de la tuberculose en Europe est coordonnée par l’ECDC (European Center for Disease Control). Cette surveillance est faite conjointement avec le bureau régional Europe de l’OMS depuis le 1er janvier 2008 car elle couvre les 53 pays de zone OMS-Europe (les pays EU/EEA, les Balkans et les pays de l’ex-URSS). Les objectifs de cette surveillance sont de soutenir les pays dans la lutte antituberculeuse, dans la prévention et le contrôle de la maladie, dans la surveillance de la résistance aux antituberculeux mais aussi de fournir aux pays une expertise et des informations sur les tendances épidémiologiques de la maladie, sur les avancées scientifiques et sur les menaces émergentes potentielles liées à la tuberculose. Avant 2008, cette surveillance a été coordonnée à l’Institut de Veille Sanitaire (InVS) par le réseau EuroTB de 1996 à fin 2007. Le programme EuroTB avait permis l’harmonisation des recommandations, la standardisation des méthodes de surveillance en Europe et l’amélioration de la coordination de la surveillance internationale.
    La France participe à ce réseau de surveillance en fournissant chaque année à l’ECDC les données de déclarations de tuberculose maladie colligées par Santé publique France ainsi que les données sur la résistance de Mycobacterium tuberculosis aux antituberculeux. Cette dernière surveillance repose sur le réseau de laboratoires du CNR des mycobactéries et de la résistance des mycobactéries aux antituberculeux (CNR-MyRMA) mis en place en 1992 et le réseau AZAY-Mycobactéries de laboratoires de CHU, mis en place en 1995. Le réseau AZAY-Mycobactéries surveille la résistance primaire et secondaire aux antituberculeux de première ligne. Le réseau du CNR-MyRMA surveille la multirésistance de manière exhaustive.

    Pour en savoir plus :

    Food and Waterborne Disease (FWD) Network (ex réseau Enter-Net)

    Le Food and Waterborne Disease (FWD) network est un réseau de surveillance européen coordonné par le centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC). Il regroupe des microbiologistes en charge des centres nationaux de référence (CNR) et des épidémiologistes responsables de la surveillance nationale des 28 pays de l’Union Européenne, ainsi que de l’Islande, du Liechtenstein et de la Norvège. Il permet, par la mise en commun des données nationales des états membres, une surveillance européenne de 21 infections d’origine alimentaire et zoonoses plus particulièrement des infections à Salmonella (salmonelloses mineures et fièvres typhoïde et paratyphoïdes), à Shigella, à Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines, à Campylobacter , à Listeria et à Yersinia.

    La contribution de la France à cette surveillance européenne repose sur la collaboration de Santé publique France avec, en particulier, le CNR des Escherichia coli, Shigella et Salmonella et son laboratoire associé, le CNR des Campylobacter et Helicobacter et le CNR des Listeria.

    European Invasive Bacterial Diseases Surveillance Network (EU-IBD)

    L’ECDC coordonne des activités de surveillance des 3 agents bactériens d’infections invasives que sont Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae et Haemophilus influenzae (Surveillance of Haemophilus influenzae type b infection, Surveillance of Meningococcal disease + Surveillance of Pneumococcal disease). Ces travaux sont assurés par le consortium IBD-LabNEt en collaboration avec l’EMGM (The European Meningococcal and Haemophilus Disease Society).

    Une trentaine de pays contribuent à cette surveillance : European Invasive Bacterial Diseases Surveillance Network (EU-IBD)

    La France contribue à la surveillance européenne des infections invasives à Neisseria meningitidis par l’envoi de :

    • données épidémiologiques et bactériologiques issues de la déclaration obligatoire et du CNR : ces données sont transmises à l’ECDC à travers le dispositif européen de surveillance (TESSy) ;
    • données de typage par MLST et de sensibilité aux antibiotiques produites par le CNR.

Indicateurs de la RATB

La surveillance de la résistance aux antibiotiques fait appel à de nombreux indicateurs, variables selon les espèces bactériennes et les antibiotiques étudiés. Pour la prioriser, des couples bactérie-antibiotique pertinents ont été définis par les microbiologistes en fonction de l’importance thérapeutique des molécules et du niveau de résistance à celles-ci.
Sur le même principe, des couples levures - antifongiques sont étudiés.
Le niveau de résistance d’une bactérie à un antibiotique est mesuré par différentes techniques (diamètre d’inhibition, concentration minimale inhibitrice, etc.). Il est ensuite traduit en classes semi-quantitatives (sensible, intermédiaire ou résistant) pour le clinicien en fonction de valeurs critiques définies en France par le comité de l’antibiogramme de la société française de microbiologie (CA-SFM). Les indicateurs produits peuvent cibler soit les bactéries de sensibilité diminuée (intermédiaires et résistantes), soit uniquement les bactéries résistantes.
La multirésistance concerne les bactéries plus particulièrement responsables d’infections nosocomiales, mais aussi celles responsables d’infections communautaires. La survenue de multirésistance est  une étape vers l’impasse thérapeutique. Une bactérie est dite multirésistante aux antibiotiques lorsque, du fait de l’accumulation de résistances acquises à plusieurs familles d’antibiotiques, elle n’est plus sensible qu’à un petit nombre de molécules utilisables en thérapeutique.
Enfin, pour la tuberculose en particulier, les données de résistances sont stratifiées selon que les cas ont déjà ou jamais été traités par les antibiotiques de référence.
Deux types d’indicateurs sont couramment calculés pour quantifier la résistance bactérienne aux antibiotiques.

Proportion au sein de l’espèce

La proportion de résistance au sein de l’espèce est généralement le premier indicateur utilisé. Cet indicateur peut être produit directement à partir des laboratoires mais il repose sur deux pré-requis : un recueil d’information identique pour les souches résistantes et non résistantes et un travail de dédoublonnage des souches identifiées pour un même patient sur la période d’étude. Cet indicateur est très parlant pour les non spécialistes et est utilisé par les cliniciens pour guider leurs prescriptions.

Incidence

L’incidence est utilisée pour refléter la dynamique de diffusion des infections à bactéries résistantes aux antibiotiques.
En milieu hospitalier ou communautaire, le dénominateur pour l’incidence cumulée sera le nombre de patients admis (l’indicateur est alors applicable aux seuls établissements de court séjour) ou le nombre d’habitants. En période épidémique et lorsque le dénominateur est un nombre de personnes (patients admis ou habitants), l’incidence cumulée est appelée le taux d’attaque.
Pour la densité d’incidence (DI), utilisée surtout en milieu hospitalier, le dénominateur sera le nombre de journées d’hospitalisation. Cet indicateur est le plus adapté pour suivre la dynamique de diffusion à long terme et évaluer l’impact des mesures de prévention du programme de lutte contre les bactéries multirésistantes.

Périodicité et échelon

Actuellement, les données disponibles sont principalement des données nationales mises à jour chaque année.
L’émergence et à la diffusion des bactéries résistantes aux antibiotiques sont des phénomènes dont la dynamique est lente. Ainsi, une surveillance annuelle permet un suivi suffisant de l’évolution des résistances bactérienne en France. C’est cette périodicité qui est retenue au niveau européen et dans la grande majorité des pays.
Quelques réseaux de surveillance nationaux ont une couverture suffisante pour réaliser des analyses régionales et ont montré des disparités d’une région à l’autre (par exemple le réseau BMR-Raisin pour l’incidence des SARM ou des EBLSE). La mise à disposition de données régionales représentatives sur la résistance aux antibiotiques est à encourager car elle a un intérêt pour les prescripteurs. Ces disparités régionales restent cependant à mieux comprendre.

Dossier Résistance aux anti-infectieux

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