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Résistance aux anti-infectieux

Publié le 08/11/2006 - Dernière mise à jour le 20/12/2017

Données par pathogène

Les souches bactériennes résistantes aux antibiotiques sont des souches pour lesquelles il existe une forte probabilité d’échec thérapeutique quel que soit le type de traitement et la dose d’antibiotique utilisée. Les seuils de résistances aux différents antibiotiques pour chaque espèce bactérienne sont définis chaque année par le comité de l’antibiogramme de la société française de microbiologie (CA-SFM). Néanmoins, des seuils de résistance différents peuvent être retenus afin de disposer de données comparables aux données internationales (cf. Neisseria gonorrhoeae).
Pour les antifongiques, les seuils d'interprétation utilisés par le CNR sont ceux définis par le CLSI (clinical and Laboratory standard institute) (http://www.clsi.org/) en attendant ceux du comité EUCAST.
Le tableau ci-dessous reprend les données actualisées disponibles pour les principales espèces bactériennes pathogènes de l’homme et dont les phénomènes de résistances revêtent un intérêt de santé publique au vu des échecs thérapeutiques dont elles peuvent être responsables.

Cliquez sur le nom de l'agent pathogène ou de l'anti-infectieux pour accéder à plus de données.

Agent pathogène

Principal indicateur
de la résistance

%
dans l'espèce

Année

Couverture
géographique

Sources

BACTERIES

Campylobacter coli

érythromycine
ciprofloxacine

6
67

2016

nationale

- CNR Campylobacter et Helicobacter
- Santé publique France

Campylobacter jejunii

érythromycine
ciprofloxacine

<1
55

2016

nationale

- CNR Campylobacter et Helicobacter
- Santé publique France

Enterococcus faecalis

glycopeptides
ampicilline/amoxicilline (I+R)

<1
<1

2016

nationale

- Onerba
- Laboratoire associé au CNR pour les entérocoques
- CNR de la résistance aux antibiotiques
- Santé publique France

Enterococcus faecium

glycopeptides
ampicilline/amoxicilline (I+R)

<1
79

2016

nationale

- Onerba
- Laboratoire associé au CNR pour les entérocoques
- CNR de la résistance aux antibiotiques
- Santé publique France

Escherichia coli

céphalosporine
de 3e génération
fluoroquinolones
carbapénèmes

11,2
 
16,7
<0,1

2016

nationale

- Onerba
- BMR-Raisin
- Santé publique France

Haemophilus influenzae

amoxicilline

24,4

2016

nationale

- CNR Haemophilus influenzae
- Santé publique France

Klebsiella pneumoniae 

céphalosporines
de 3e génération
carbapénèmes

28,9
 
0,4

2016

nationale

- Onerba
- Santé publique France

Mycobacterium tuberculosis complex

multirésistance*

2,2

2015

nationale

- CNR Mycobactéries et résistance des
mycobactéries aux antituberculeux
- Santé publique France

Neisseria gonorrhoeae

ceftriaxone
>0,125-0,25 mg/L
>0,25 mg/L

 
0
0

2016

nationale

- CNR des Gonocoques
- Santé publique France

Neisseria meningitidis

pénicilline G (I+R)
rifampicine

34
0

2016

nationale

- CNR des Méningocoques
- Santé publique France

Pseudomonas aeruginosa

ceftazidime
carbapénèmes

11,3
15,6

2016

nationale

- Onerba
- Santé publique France

Salmonella enterica sérotype Enteritidis

céphalosporine
de 3e génération
(enfants)
et ciprofloxacine
(adultes)

 
<1
    
0
 

2016

nationale

- CNR des Salmonella
- Santé publique France

Salmonella enterica sérotype Typhimurium

céphalosporine
de 3e génération
(enfants)
et ciprofloxacine
(adultes)

 
3,5
 
0
 

2016

nationale

- CNR des Salmonella
- Santé publique France

Salmonella enterica sérotype 1,4,[5],12 :i :- (variant monophasique de S.Typhimurium)

céphalosporine
de 3e génération
(enfants)
et ciprofloxacine
(adultes)

 
2,5
 
0
 

2016

nationale

- CNR des Salmonella
- Santé publique France

Shigella

ciprofloxacine

azitromycine

13,4

13,4

2016

nationale

- CNR des Escherichia coli et Shigella
- Santé publique France

Staphylococcus aureus

méticilline

13,8
(dans les ES)

2016

nationale

- Onerba
- BMR-Raisin
- CNR des Staphylocoques
- Santé publique France

Streptococcus pneumoniae

pénicilline G (I+R)
érythromycine (I+R)

25,3
26,3

2016
Données préliminaires

nationale

- CNR des pneumocoques
- Santé publique France

Streptococcus pyogenes

érythromycine
Adulte
Enfant
tétracycline

4
5
2
17

2016

nationale

- CNR des Streptocoques
- Onerba
- Santé publique France

LEVURE

Candida albicans

fluconazole
voriconazole

1
1

2016

régionale

- CNR Mycologie et antifongiques

Autres Candida

fluconazole
voriconazole

voir fiche

2016

régionale
(Ile de France)

- CNR Mycologie et antifongiques

* association d’une résistance à l’isoniazide et à la rifampicine.

La résistance aux antibiotiques est un phénomène en constante évolution. En France, quatre émergences font l’objet d’un suivi spécifique par Santé publique France sur la base des données de signalements des infections nosocomiales.

Entérobactéries résistantes à la colistine porteuses du gène mcr-1

La résistance plasmidique à la colistine (gène mcr-1) chez les entérobactéries a été détectée pour la première fois en Chine fin 2015. Cette résistance est encore émergente en France et dans le monde. Elle représente un risque pour la santé publique car la colistine est l’un des rares antibiotiques encore actif sur les souches d’entérobactéries productrices de carbapénèmases (EPC) - principales Bactéries Hautement Résistantes émergentes (BHRe). Son caractère plasmidique lui permet d’être très facilement transférable entre bactéries.

Afin de limiter la diffusion de ce nouveau mécanisme de résistance chez l’homme, un message d’alerte a été adressé par la Direction générale de la santé et la Direction générale de l’offre de soins à l’ensemble des établissements de santé français le 9 septembre 2016. Il inclut des recommandations du Centre national de référence de la résistance aux antibiotiques pour la détection des souches porteuse du gène mcr-1, et de Santé publique France pour les mesures à mettre en œuvre autour des cas. Un avis du Haut Conseil de la santé publique a été publié en octobre 2016, puis mis à jour en mai 2017,  afin de compléter ces premières recommandations ; ils inscrits la prise en compte de cette nouvelle émergence dans le cadre des recommandations BHRe parue en 2013.
En septembre 2017, 19 cas de colonisations ou infections à entérobactéries porteuses du gène mcr-1 de résistance plasmidique à la colistine ont été signalés à Santé publique France et au le Centre national de référence de la résistance aux antibiotiques depuis 2016. Parmi eux, 4 souches étaient également productrices de carbapénémase (EPC), et identifiées chez des patients ayant un antécédent d’hospitalisation à l’étranger. Un cas de transmission secondaire d’une entérobactérie mcr-1 (non EPC) a été identifié dans un établissement de santé français Ces 4 cas viennent s'ajouter aux 4 autres identifiés rétrospectivement à partir de collections de souches isolées en 2012, 2013 et 2014.

Ce nouveau mécanisme de résistance fait l’objet d’un suivi renforcé en France par l’ensemble des partenaires impliqués.

En savoir plus : entérobactéries résistantes à la colistine

Entérobactéries productrices de carbapénémase (EPC)

Les entérobactéries productrices de carbapénémases (EPC) sont des bactéries hautement résistantes aux antibiotiques et émergentes (BHRe). Les carbapénémases conduisent à une inefficacité partielle ou totale des antibiotiques de la classe des carbapénèmes qui sont des traitements de dernier recours. L’émergence puis la diffusion des EPC risque ainsi de conduire à de véritables impasses thérapeutiques, pouvant à terme mettre en péril les grandes avancées de la médecine moderne.
En France, le premier épisode impliquant des EPC a été signalé à Santé publique France en 2004. Une augmentation des épisodes impliquant des EPC signalés à l'institut de Veille Sanitaire est observée à partir de 2009. Depuis lors, des recommandations associent le dépistage pour tout patient hospitalisé ayant été hospitalisé dans un pays étranger, la mise en place de mesures d’hygiène stricte et des actions de dépistage autour des patients infectés ou colonisé à EPC ont été diffuées et une surveillance spécifique a été mise en place afin de suivre l’émergence de ces BHRe.
Les entérobactéries productrices de carbapénèmases (EPC) restent rares en France en comparaison avec d’autres pays, la situation invite à la plus grande vigilance. Cependant,  les régions frontalières de pays à forte prévalence d’EPC ou les établissements accueillant de nombreux patients en provenance de pays à fortes incidence doivent être particulièrement vigilants.

Santé publique France publie régulièrement le bilan des épisodes impliquant des entérobactéries productrices de carbapénèmases en France.

En savoir plus : entérobactéries productrices de carbapénèmases 

Acinetobacter baumannii résistant à l’imipénème (ABRI)

A. baumannii est naturellement résistant à de nombreux antibiotiques tels que les aminopénicillines, les céphalosporines de première et de deuxième génération ainsi que l’ertapénème. Il peut également acquérir d’autres résistances telle que la résistance à l'imipénème qui peut faire de cet agent pathogène opportuniste au faible pouvoir pathogène un agent infectieux souvent responsable d’épidémies d’infections nosocomiales difficiles à maîtriser.
Les premiers signalements pour infection liées aux soins à Acinetobacter baumannii résistant à l’imipénème ont été signalés en 2003 dans le Nord de la France puis en 2004 dans le Sud-ouest. Le nombre de signalement est en nette augmentation en France depuis 2009. Malgré les biais liés à cette source de données, cette augmentation invite à la plus grande vigilance.

En savoir plus : acinetobacter baumannii résistant à l’imipénème

Entérocoques résistants aux glycopeptides (ERG)

Des entérocoques résistants aux glycopeptides (ERG), vancomycine et/ou teïcoplanine, ont émergé au milieu des années 1980. Depuis 2004, ils sont responsables d’épidémies dans quelques établissements de santé français, et font l’objet de mesures de contrôle très strictes, définies par un avis du Comité technique des infections nosocomiales et des infections liées aux soins, pour en limiter la diffusion. La plupart d'entre eux restent des E. faecium.

En 2016, Santé publique France a publié un bilan  des données épidémiologiques du signalement des infections nosocomiales à Entérocoques résistants aux glycopeptides dans les établissements de santé.

En savoir plus : entérocoques résistants aux glycopeptides

Outil de suivi des épidémies

Dans le cadre du Raisin, un outil informatique a été développé par Santé publique France. Il est mis à disposition des établissements de santé, des Arlin et des CClin pour aider au suivi des épidémies à BHRe, ABRI, Clostridium difficile et autres microorganismes. Cet outil, simple d’utilisation, est transposable à différents types d’épidémies, utilisable aux niveaux local, régional ou interrégional et facilement modifiable. Il se présente sous forme d’ un fichier Excel®. Il permet de générer automatiquement plusieurs courbes épidémiques et un tableau synoptique et de produire un bilan des épidémies. Il propose un tableau de suivi des cas et des sujets contacts.
Cet outil est librement téléchargeable.

Une fois renseigné, il est important de bien anonymiser les données en cas de diffusion en dehors des établissements.

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