Lancé en janvier 2021 en réponse à la pandémie de COVID-19 et à l’apparition du variant Alpha (détecté pour la première fois au Royaume-Uni en novembre 2020), le consortium EMERGEN a permis de mettre en place sur l'ensemble du territoire national un système de surveillance génomique national pour détecter, caractériser et suivre l’évolution du SARS-CoV-2 en France, y compris dans les territoires d’outre-mer. Il a été conçu dès l’origine pour pouvoir évoluer et venir en soutien des activités de surveillance et de recherche sur d’autres maladies infectieuses émergentes (virales, mais aussi bactériennes, fongiques ou parasitaires).
C'est ainsi que le projet évolue vers la plateforme EMERGEN 2.0 lancée le 1er octobre 2024, dédiée à la surveillance et à la recherche sur les infections causées par des pathogènes EMERgents, en utilisant la GENomique microbienne. Il s’agit d’une évolution majeure visant à inscrire dans la durée et à élargir les activités du projet initial.
