Cet article relate une expérience à la fois pluri-disciplinaire (alliant surveillance épidémiologique et recherche socio-anthropologique) et méthodologique (associant techniques quantitatives et qualitatives) destinée à répondre à une question de santé publique autour des déterminants des pratiques à risque des usagers de drogues (UD) vis-à-vis de la transmission du VIH et du VHC. Son objet est de rendre compte de manière pragmatique vis-à-vis des professionnels impliqués dans ce champ des enjeux pratiques de ce type de collaboration et de comprendre les apports mutuels de ces deux disciplines à travers l'exemple de l'enquête ANRSCoquelicot (Agence nationale de recherche sur le sida) menée à l'Institut de veille sanitaire (InVS) au sein du département maladies infectieuses en collaboration avec le Centre de recherches psychotropes, santé mentale et société (Cesames) et l'Institut d'études démographiques (Ined). Dans cet article, l'accent sera mis principalement sur l'apport des sciences sociales à l'épidémiologie puisque la démarche de l'InVS a été ici de faire appel à la socio-anthropologie pour venir compléter une approche épidémiologique. Au-delà des aspects disciplinaires, cet article relate la mise en oeuvre d'une enquête sur des terrains complexes du fait que les pratiques étudiées sont illégales et stigmatisées (la toxicomanie et les comportements à risque). (Introduction)